不動産の評価額そのものについては、抵当権、根抵当権等の担保権には左右されません。通常の不動産の評価額と同一です。

ただし、この不動産を売買、相続等をする場合、担保権が存在するまま所有権を移転することになります。

よって、以下の問題が生じます。最悪のケースを想定して説明します。
もともと担保権を設定した債務者が債務を弁済できない場合、担保権を設定した債権者は担保権を実行し、この不動産を競売等により換金して債務に充当します。現在の所有権者が誰であるかは関係なく、この不動産に担保権が設定されていることが原因です。

適正な価格で譲り受けても担保権を抹消しなければ所有権を失う可能性があります。